Czynności związane z realizacją zadań ustawowych wykonują inspektorzy kontroli skarbowej i pracownicy jednostek organizacyjnych kontroli skarbowej, zwani inspektorami i pracownikami. Inspektorzy i pracownicy, wykonując czynności służbowe, posługują się legitymacjami służbowymi i znakami identyfikacyjnymi. Inspektorzy prowadzą postępowanie przygotowawcze, w trybie i na zasadach określonych w przepisach Kodeksu postępowania karnego, Kodeksu postępowania w sprawach o wykroczenia i Kodeksu karnego skarbowego, w sprawach z zakresu kontroli skarbowej.

Inspektorzy i pracownicy wykonujący czynności związane z realizacją zadań ustawowych, mają prawo do:

1) legitymowania osób w celu ustalenia ich tożsamości,

2) zatrzymywania i przeszukiwania osób oraz przeszukiwania pomieszczeń, bagażu i ładunku w trybie i przypadkach określonych w przepisach Kodeksu postępowania karnego i Kodeksu karnego skarbowego,

3) zatrzymywania pojazdów i innych środków przewozowych w celu przeprowadzenia kontroli przewożonych towarów lub dokumentów przewozowych dotyczących tych towarów, a także badania towarów i pobierania ich próbek, oraz przeprowadzenia kontroli rodzaju używanego paliwa przez pobranie próbek paliwa ze zbiornika pojazdu mechanicznego. Zatrzymanie pojazdów mechanicznych i innych środków przewozowych może być dokonywane tylko przez umundurowanych inspektorów i pracowników, znajdujących się w pobliżu oznakowanego pojazdu służbowego.

4) zwracania się o niezbędną pomoc do innych jednostek organizacyjnych, przedsiębiorców i organizacji społecznych, jak również zwracania się w nagłych wypadkach do każdej osoby o udzielenie doraźnej pomocy, w ramach obowiązujących przepisów prawa.

W toku wykonywania czynności służbowych inspektorzy i pracownicy są zobowiązani do poszanowania godności człowieka oraz respektowania innych praw i wolności obywatelskich.

Inspektorzy i pracownicy są zobowiązani do wykonywania czynności służbowych w sposób możliwie najmniej naruszający dobra osobiste i majątkowe osób i przedsiębiorców, których te czynności dotyczą.

Zatrzymanie osoby może być zastosowane tylko wówczas, gdy inne środki pozostające w dyspozycji organów kontroli skarbowej, inspektorów i pracowników są bezcelowe lub okazały się nieskuteczne.

Kontrola skarbowa prowadzona jest zgodnie z planem kontroli. Kontrola skarbowa może być również prowadzona poza planem kontroli, w oparciu o uzyskane informacje lub materiały albo przeprowadzone analizy.

Czynności kontrolne przeprowadza inspektor samodzielnie wraz z upoważnionymi pracownikami po doręczeniu kontrolowanemu upoważnienia do przeprowadzenia czynności kontrolnych oraz okazaniu legitymacji służbowych i znaków identyfikacyjnych.

Inspektor może powierzyć dokonywanie czynności kontrolnych pod swoim nadzorem upoważnionym pracownikom, z wyłączeniem:

1) zarządzania inwentaryzacji,

2) przesłuchiwania świadków,

3) przesłuchiwania kontrolowanego w charakterze strony,

4) dokonywania ostatecznych obliczeń należności budżetowych.

Inspektor ma obowiązek zapoznać kontrolowanego z jego prawami i obowiązkami wynikającymi z ustawy; kontrolowany potwierdza podpisem na upoważnieniu do przeprowadzenia czynności kontrolnych, że zapoznał się z tymi prawami i obowiązkami.

W toku postępowania kontrolnego inspektor może w szczególności:

1) badać dokumenty i ewidencje, objęte zakresem kontroli,

2) zabezpieczać zebrane dowody,

3) zarządzać inwentaryzację wraz z rozliczeniem jej wyniku,

4) dokonywać oględzin,

5) legitymować osoby w celu ustalenia tożsamości, jeżeli jest to niezbędne dla potrzeb kontroli,

6) przesłuchiwać świadków,

7) zasięgać opinii biegłych,

8) zbierać inne niezbędne materiały w zakresie objętym kontrolą,

9) przesłuchiwać kontrolowanego w charakterze strony, jeżeli po wyczerpaniu środków dowodowych lub z powodu ich braku pozostały nie wyjaśnione okoliczności mające znaczenie dla postępowania kontrolnego.

Badanie dokumentów i ewidencji polega na sprawdzeniu ich rzetelności oraz zgodności z przepisami prawa. Inspektor, w związku z prowadzonym u kontrolowanego postępowaniem kontrolnym, może po okazaniu legitymacjisłużbowej dokonać sprawdzenia prawidłowości i rzetelności badanych dokumentów u kontrahentów kontrolowanego prowadzących działalność gospodarczą, bez względu na ich siedzibę; z czynności tych sporządza się protokół, który podpisują osoby obecne przy dokonywaniu tych czynności.

Czynności kontrolne mające znaczenie dla ustaleń kontroli podlegają dokumentowaniu. Zakres tych czynności ustala inspektor.

Dokumentowanie czynności kontrolnych polega w szczególności na sporządzaniu protokołów z:

1) badania dokumentów i ewidencji,

2) zabezpieczenia dokumentów i dowodów rzeczowych,

3) inwentaryzacji,

4) oględzin,

5) przesłuchania świadków.

Stan faktyczny może być utrwalony ponadto za pomocą aparatury rejestrującej obraz i dźwięk oraz magnetycznych nośników informacji.

Po zgromadzeniu dokumentacji czynności kontrolnych inspektor zapoznaje kontrolowanego z treścią dokumentów i ustaleniami kontroli. Z czynności tych sporządza się adnotację podpisaną także przez kontrolowanego.

Inspektorzy oraz inni pracownicy jednostek organizacyjnych kontroli skarbowej w związku z wykonywaniem czynności kontrolnych korzystają z ochrony przewidzianej w Kodeksie karnym dla funkcjonariuszy publicznych.