Podstawowym zadaniem kapitana jest zapewnienie bezpieczeństwa statkowi, pasażerom, załodze i ładunkom oraz dbałość o właściwą eksploatację statku. Kapitan jest dowódcą i jedynym przełożonym całej załogi (a więc oficerów, mechaników, marynarzy) oraz jednocześnie przedstawicielem armatora.

Zakres czynności i związanej z tym odpowiedzialności służbowej daje kapitanowi szerokie uprawnienia do powierzonego mu statku, ładunku i ludzi, w tym też pasażerów, jeśli tacy znajdują się podczas podróży lub w portach. Regulaminy pracy stwierdzają m.in., że odpowiedzialność kapitana dotyczy szczególnie bezpieczeństwa ludzi, statku i ładunku, właściwego przygotowania statku do podróży, bezpiecznego załadowania statku i odpowiedniego wykorzystania ładowności i nawigacji, a także prawidłowej i oszczędnej gospodarki na statku. Do obowiązków kapitana należy również reprezentowanie armatora (właściciela statku) wobec władz portowych i przedstawicielstw handlowych w portach obcych. Niektóre obowiązki wybiegają poza obręb statku i załogi. Kapitan ma bowiem obowiązek niesienia pomocy ludziom znajdującym się na morzu w niebezpieczeństwie. Od tego obowiązku może odstąpić tylko w wypadku zagrożenia utraty własnego statku lub zagrożenia życia osób znajdujących się na statku. Władza kapitańska, w tym także dyscyplinarna wobec załogi, nie ustaje z chwilą zakończenia przez nich pracy na danym stanowisku roboczym, ponieważ statek morski jest zarówno miejscem pracy marynarza, jak i jego domem. Do czynności kapitana statku morskiego należą funkcje administracyjne, czyli prowadzenie wszelkiego typu rejestrów dotyczących odbywanych rejsów (dziennik pokładowy). Prowadzi on również gospodarkę finansową, tzn. wypłaca pensje załodze i dba o prawidłowe zaopatrzenie załogi w żywność, środki ochronne i inne niezbędne rzeczy, potrzebne do prawidłowego funkcjonowania dowodzonej przez niego jednostki. Kapitan wykonując swoją pracę często korzysta z wielu urządzeń technicznych, m.in. z komputera oraz urządzeń nawigacyjnych jak np. radary, ARPA, elektroniczne systemy określania pozycji itp. Korzysta on także z urządzeń biurowych (faks, telefon), które umożliwiają mu na morzu kontakt z lądem. Kapitan nowoczesnego statku ponosi odpowiedzialność nie tylko za bezpieczeństwo i życie załogi oraz mienie i statek, ale również za całokształt życia biologicznego na mijanych przez niego akwenach. Awaria dużego statku, który przewozi substancje silnie toksyczne lub wyciek ropy naftowej z tankowców może doprowadzić do poważnych, czasami nieodwracalnych katastrof ekologicznych.