Głównym celem pracy muzykologa jest opracowywanie źródeł muzycznych utrwalonych graficznie (partytura) lub dźwiękowo (płyta, taśma itp.), poszerzanie i upowszechnianie wiedzy o kulturze muzycznej i jej przejawach. Wykonywane zadania i czynności zależą jednak od stanowiska, które zajmuje. Można wyróżnić stanowiska związane z muzykologią jako dyscypliną naukową i stanowiska związane z najszerzej pojętym popularyzowaniem muzyki w społeczeństwie. Do pierwszej grupy należą: naukowiec, pracownik naukowo-dydaktyczny, redaktor wydawnictw i edycji muzycznych o profilu naukowym, archiwista, bibliotekarz i muzealnik. Do drugiej grupy można zaliczyć: redaktora wydawnictw i czasopism muzycznych czy programów muzycznych, radiowych bądź telewizyjnych, redaktora w studiu nagrań, publicystę i krytyka muzycznego, organizatora imprez muzycznych (filharmonie, impresariaty, towarzystwa muzyczne, związki twórcze), by ograniczyć się do stanowisk najbardziej typowych.

Celem naukowca i pracownika naukowo-dydaktycznego jest badanie i interpretacja muzyki we wszelkich aspektach: źródłoznawczym (nauka o dawnych sposobach notacji muzycznej, badanie i interpretacja źródeł muzycznych, np. średniowiecznych kodeksów, rękopisów muzycznych, starych druków oraz innych dokumentów historycznych, które dostarczają nam uzupełniających informacji o kulturze muzycznej danej epoki), historycznym (historia muzyki), systematycznym (teoria, estetyka, akustyka muzyczna i in.), etnologicznym (etnomuzykologia zajmująca się muzyką ludową i muzyką wysoko rozwiniętych kultur pozostających poza kręgiem oddziaływania muzyki zachodnioeuropejskiej, np. kulturą muzyczną Chin czy Indii) i interdyscyplinarnym (badanie i interpretacja zagadnień muzycznych przez pryzmat założeń innych nauk, np. psychologii, socjologii, lingwistyki, informatyki czy innych sztuk). Służy to weryfikacji i poszerzaniu stanu wiedzy o muzyce w ramach obranej specjalizacji - np. teoretyka interesuje analiza struktury dzieła muzycznego bądź wybranego jej aspektu (harmonika, faktura itp.) według obranej metody. Jej wyniki pozwalają mu dotrzeć do reguł rządzących strukturą utworu, odnaleźć cechy składające się na indywidualny styl danego kompozytora czy styl epoki. Historyka z kolei interesuje przede wszystkim zmienność tychże reguł w czasie i szukanie ich genezy oraz kontekstu. Historyk muzyki zajmuje się też często badaniami źródłowymi: poszukuje, analizuje i interpretuje dzieła muzyczne oraz dokumenty z epoki, dzięki czemu może on odtworzyć obraz kultury muzycznej interesującego go okresu (np. funkcjonowanie instytucji muzycznych czy repertuar wykonywany w Polsce w czasie rządów króla Stanisława Augusta Poniatowskiego). Wyniki badań ogłaszane są w formie pisemnej (doktorat i habilitacja, które umożliwiają awans w hierarchii naukowej, książki, artykuły) i ustnej (referaty, wykłady wygłaszane na sesjach naukowych, konferencjach, seminariach). Od pracowników naukowych i naukowo-dydaktycznych wymagane jest stałe podnoszenie kwalifikacji. Muszą się oni zaznajamiać z najnowszą literaturą przedmiotu, co m.in. pomaga w wyborze tematu badań (orientacja, jakie zagadnienia nie zostały jeszcze poruszone, jakie wymagają uaktualnienia z uwagi na odkrycie nowych źródeł, np. nieznanych kompozycji jakiegoś twórcy czy pojawienie się nowych metod analizy). Ponadto pracownicy naukowo-dydaktyczni muszą godzić indywidualną pracę naukową z prowadzeniem wykładów, ćwiczeń i seminariów uniwersyteckich. Często bowiem przygotowanie zajęć dla studentów wymaga przeprowadzenia dodatkowych badań naukowych i zaznajomienia się ze stosowną literaturą przedmiotu. Dzieje się tak wtedy, gdy tematy wykładów bądź ćwiczeń nie w pełni pokrywają się ze specjalizacją pracownika.

Czynności naukowe są też istotne w pracy redaktorów wydawnictw muzycznych. Do ich zadań należy bowiem nie tylko nadanie tekstom jednolitej formy edycyjnej i korekta tzw. literówek, ale także ocena rzeczowa przygotowywanych do druku materiałów, która wymaga nieraz sprawdzania różnych informacji w źródłach naukowych. Z kolei redaktorami tzw. krytycznych wydań, np. spuścizny muzycznej danego kompozytora, są najczęściej pracownicy naukowi lub muzycy. Podejmują oni badania o charakterze źródłowym i historycznym (porównanie i analiza autografów, pierwodruków itp., poznanie epoki i stylu twórcy), gdyż ich celem jest dotarcie do oryginalnej, autorskiej wersji dzieła, oczyszczonej z naniesień i poprawek poprzednich redaktorów. Dodać należy, że wydania tego typu są niezwykle przydatne w pracy badawczej muzykologów-naukowców i w pracy artystów-muzyków przygotowujących wykonania lub nagrania utworów danego kompozytora.

Muzykolodzy-archiwiści, muzykolodzy-bibliotekarze i muzykolodzy-muzealnicy pracują wszędzie tam, gdzie wymaga tego rodzaj gromadzonych zbiorów (rękopisy muzyczne, nuty, książki dotyczące muzyki przechowywane w muzeach, bibliotekach i innych archiwach). Ich zadania i czynności robocze - gromadzenie, opracowywanie i udostępnianie zbiorów - są takie same jak pracowników posiadających tylko wykształcenie bibliotekarskie bądź archiwistyczne. Wykształcenie muzykologiczne jest jednak w tym wypadku niezbędne do fachowego opracowania zbiorów. Owocem pracy archiwistów czy bibliotekarzy bywają publikacje katalogów, które stanowią często punkt wyjścia badań naukowych prowadzonych przez muzykologów zatrudnionych na innych stanowiskach głównie muzykologów-naukowców, pracowników naukowo-dydaktycznych i redaktorów wydawnictw muzycznych, ze szczególnym uwzględnieniem redaktorów edycji źródłowych. Katalogi takie podają m.in. wiarygodne informacje gdzie i jakie źródła muzyczne (np. tak cenne zabytki jak autografy kompozycji różnych twórców) są przechowywane. Do zadań muzykologa-muzealnika należy też działalność wystawiennicza, która ma na celu publiczne prezentowanie najciekawszych zabytków: autografów, pamiątek po kompozytorach itp. Łączy się ona już z następną grupą stanowisk, które mają na celu popularyzowanie muzyki.

W tej grupie stanowisk dominuje praca o charakterze dziennikarskim (redaktorzy czasopism i programów radiowo-telewizyjnych, redaktorzy w studiu nagrań, publicyści i krytycy muzyczni) lub menadżerskim (organizatorzy życia muzycznego). Redaktorzy będący równocześnie krytykami i publicystami przygotowują artykuły o tematyce muzycznej, audycje prezentujące wybranych wykonawców, kompozytorów itp., przeprowadzają wywiady z ważnymi osobistościami życia muzycznego, informują o wydarzeniach muzycznych w kraju i zagranicą, oceniają wykonania koncertowe, publikacje książkowe i płytowe, prowadzą koncerty i inne imprezy muzyczne. Są więc dla melomanów „przewodnikami" po świecie muzycznym. Ich działalność jest pomostem łączącym krąg specjalistów, zarówno wykonawców, jak i naukowców, z miłośnikami muzyki. Dlatego też styl ich wypowiedzi czy artykułów musi być dostosowany do możliwości odbiorcy, powinien satysfakcjonować zarówno wytrawnych melomanów jak i być zrozumiały dla mniej wyrobionych słuchaczy i czytelników.

Do zadań redaktorów nagrań należy uzgadnianie wykonawców i repertuaru nagrania dla celów archiwalnych, upowszechnieniowych i komercyjnych, opracowywanie lub zamawianie tekstów towarzyszących edycji (płyta, taśma) i nadzór nad nią.

Animatorzy życia muzycznego współpracują z wykonawcami i naukowcami organizując imprezy koncertowe, kursy mistrzowskie, konkursy muzyczne i pomagając w przygotowaniu konferencji naukowych o zasięgu międzynarodowym i krajowym. Do ich zadań należy kontaktowanie się z artystami, negocjowanie strony organizacyjnej tego typu przedsięwzięć (ustalanie daty, trasy występów, repertuaru, wynajem sal koncertowych czy konferencyjnych, rezerwacja hoteli i biletów, szukanie i stały kontakt ze sponsorami, którzy wspierają imprezy artystyczne), dbanie o ich odpowiednią reklamę.

Cechą charakterystyczną pracy w zawodzie muzykologa jest łączenie różnych stanowisk. Np. naukowcy i pracownicy naukowo-dydaktyczni często uprawiają publicystykę i krytykę muzyczną, wychodząc poza zadania czysto naukowe.